(legende photo Gabriel Peri à Bezons en 1934 hotel de ville)

Ainsi, durant toute la  guerre, il est l’un des cadres de l’équipe chargée de la rédaction de l’Humanité clandestine. Péri est d’ailleurs l’un des rares dirigeants du PCF clandestin à demeurer dans la capitale au moment même où la Wehrmacht défile sous l’Arc de triomphe et que l’équipe Benoît Frachon-Arthur Dallidet a suivi l’exode des parisiens. Lorsque Maurice Tréand, le responsable de la commission des cadres du parti, est de retour avec Jacques Duclos le 15 juin 1940, Péri s’oppose avec virulence aux tentatives légalistes des deux hommes. Il n’a, semble t-il, pas perdu son attachement à la ligne antifasciste des années de Front populaire. Il est en constant désaccord avec Tréand qui transmet des télégrammes négatifs à son encontre à Moscou.Replié dans un appartement du 19e arrondissement, il poursuit la publication d’articles dans l’Humanité clandestine. Il loge plus tard chez un militant, André Chaintron. C’est là qu’il entreprend l’écriture d’un fascicule intitulé Non le nazisme, ce n’est pas le socialisme !, qui sera publié en mars 1942.

 Arrestation et exécution 

Deux mois plus tard, le 18 mai, Péri est arrêté « dans des circonstances qui demeurent mystérieuses » affirme Guillaume Bourgeois. En effet, dans l’ouvrage collectif Histoire du Parti communiste français, il est signalé que « Péri fut dénoncé par Hermann Bertelé, dit « Armand », adjoint du responsable aux cadres choisi par Duclos, Maurice Tréand, celui qui avait organisé les démarches auprès du Führer occupant, pour la reparution de L’Humanité avec imprimatur nazi ». En fait, le dénommé Armand est Edmond Foeglin, adjoint de Maurice Tréand à la commission des cadres depuis 1938 où il gère les « listes noires » du PCF. Il semblerait être l’initiateur du déménagement de Péri à la porte de la Villette, chez André Chaintron. Ce déménagement, chez un militant communiste connu des services de police et frère de Jean Chaintron, chef communiste de la zone sud déjà arrêté et condamné à mort, est une « grave faute » au regard des mesures visant à la sécurité de Péri. Ainsi, assurant une partie des liaisons depuis la mise au placard de Tréand à l’automne 1941, Foeglin qui connaît la plupart des adresses des cadres communistes parisiens est arrêté, alors qu’il se rend chez Jean Catelas qui venait d’être dénoncé. « Foeglin aurait alors proposé au commissaire de police d'échanger sa libération contre des informations concernant le fonctionnement clandestin du Parti communiste et la planque d'un de ses dirigeants : Gabriel Péri », signale la biographie du Dictionnaire biographique du mouvement ouvrier français.

Le rapport des renseignements généraux confirme quelques éléments : « Gabriel Péri est arrêté à la porte de Champerret, probablement dénoncé par un camarade. Bien qu'ayant pris ses distances avec le PC depuis le pacte germano-soviétique ». Toutefois, « l’affaire de l’arrestation de Péri » prit une tournure plus polémique après-guerre, Pierre Teruel-Mania accusant Jacques Duclos d’avoir livré Péri à la police. Duclos s’en est fortement défendu dans ses Mémoires. L’historien du communisme Stéphane Courtois ajoute dans sa thèse sur le PCF dans la guerre : « il est un fait que l’arrestation conjointe de Péri et de Jean Catelas, privait la tendance « nationaliste » de son porte-parole en la personne de Péri et faisait disparaître un témoin très au courant des tractations de juin 1940 entre le Parti et les Allemands en la personne de Catelas. Il est vrai qu’elle privait le Parti de deux cadres de très grande valeur. Mais ce n’aurait pas été la première fois […] qu’un Parti communiste aurait sacrifié pour les besoins de la dite « cause » des responsables trop brillants, trop indépendants ou trop compromis. […] Or, il semble avéré que Péri et Catelas sont « tombés » sur dénonciation d’un adjoint de Tréand […] lequel n’aurait jamais eu à subir les foudres vengeresses du Parti ce qui paraît très surprenant pour une pareille faute ou trahison (sauf s’il était en « service commandé ») ». Il est encore difficile aujourd’hui de savoir si le fameux Armand a agi seul ou sur ordre mais il apparaît, par contre, plus certain que de lourdes fautes dans les mesures de sécurité ont été commises et que Péri en est la principale victime.

Condamné par défaut « à cinq ans de prison, 5 000 francs d'amende et cinq ans de privation de droits civiques » par le IIIe tribunal militaire de Paris, le 3 avril 1940 «  », Péri est interné à la prison de la Santé.

Il semble qu’un certain nombre de tentatives émanant du gouvernement de Vichy et des milieux collaborationnistes aient tenté de soustraire Péri aux autorités allemandes mais sous certaines conditions. Pierre Pucheu, le ministre de l’Intérieur, aurait proposé à Péri de l’aider en échange du désaveu des actes terroristes menés par le PCF clandestin. L’avocat de Péri, Me Berthon, aurait fait connaître cette requête à l’intéressé. Péri, aux dires de Berthon, aurait été favorable à cette requête tout en demandant à réfléchir avant de se prononcer. Il est de fait que ces démarches n’ont pas abouti alors qu’au même moment, en octobre 1941, le leader historique du PCF, Marcel Cachin, arrêté par la Gestapo, recevait l’autorisation de la direction de signer une longue déclaration où il rappelait son combat pour l’amitié franco-allemande et où il condamnait les attentats communistes contre les occupants.

Quelles que soient les responsabilités de la direction du PCF et les tentatives du ministre de Vichy, Péri est transféré à la prison du Cherche-Midi, placée sous contrôle allemand. Considéré comme otage par les Allemands qui entendent répondre aux attentats individuels que mène le PCF depuis l’entrée en guerre de l'URSS, Péri fait donc partie des 92 otages fusillés le 15 décembre 1941 au mont Valérien.